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Durante seus oito anos de existência, o Projeto Microbacia contou com a participação de diversas intituições incluindo renomados institutos de pesquisa, organizações não-governamentais e universidades do Brasil e do exterior.

Brasil

- Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa/CNP Solos)
- Equilíbrio - Proteção Florestal
- Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" (ESALQ - USP)
- Fundação Pró-Natureza (Funatura)
- Instituto de Pesquisas Tecnológicas (IPT)
- Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (Inpe)
- Universidade Estadual Paulista (Unesp)
- Universidade Estadual Norte Fluminense (Uenf)
- Universidade Federal de Lavras (Ufla)
- Universidade Federal de Viçosa (UFV)
- Universidade Federal do ES (Ufes)

Exterior

- The Australian National University (ANU) - Austrália
- CSIRO - Forestry and Forest Products - Austrália
- Institute of Hydrology - Inglaterra

Além das instituições externas, o projeto conta com uma equipe própria da Aracruz composta por 6 engenheiros agrônomos e florestais e 12 técnicos.